Здравствуйте! В данном случае всё зависит от того, какая система делопроизводства принята в вашей организации. Если это централизованная система, то все поступающие (входящие) документы должны регистрироваться в службе делопроизводства. При децентрализованной системе поступающие документы могут регистрироваться в структурных подразделениях. Ссылаться можно только на локальные (вашей организации) документы (инструкции, приказы и др.).