Да, в одно дело с перепиской помещаются вместе инициативное письмо и ответ на него. В текущем делопроизводстве формируют так: вниз запрос, сверху ответ (т.е. второй документ с более поздней датой). Особой путаницы не должно получиться. Когда оба документа вместе сразу понятно развитие ситуации. К тому же переписку можно разбить на несколько дел в зависимости от рассматриваемых вопросов.