Доскажите, пожалуйста, как правильно сформировать дело «Переписка с…». В дело включаются и входящие и исходящие документы? Вопрос — ответ, вопрос — ответ? Пока у меня исходящая документация лежит отдельно от входящей, составляю номенклатуру — если формировать такое дело, то для меня скорее всего возникнет большая путаница где и что искать…

Да, в одно дело с перепиской помещаются вместе инициативное письмо и ответ на него. В текущем делопроизводстве формируют так: вниз запрос, сверху ответ (т.е. второй документ с более поздней датой). Особой путаницы не должно получиться. Когда оба документа вместе сразу понятно развитие ситуации. К тому же переписку можно разбить на несколько дел в зависимости от рассматриваемых вопросов.