Журнал регистрации ВХ корреспонденции начат в январе 2015 г., окончен — 06 сентября 2016 г. Завели новый журнал как продолжение года получается. Правильно ли мы сделали?

Если журнал закончился в середине года, можно начать новый журнал. Главное, чтобы нумерация продолжалась. С нового календарного года нумерация начинается с первого номера, даже если регистрация продолжается в старом журнале.