Здравствуйте! При поступлении таких документов в канцелярии (секретариате) регистрируется письмо. Письмо с договором передается в подразделение, которому отписан документ. По поводу регистрации договора могут быть разные варианты, так как направляться может как проект договора, так и договор, уже зарегистрированный контрагентом. Если договор подлежит внутренней регистрации, то он регистрируется согласно принятой в организации системе. Это может быть и в канцелярии, и в структурном подразделении согласно распределению обязанностей.