Здравствуйте, подскажите, пожалуйста, в книгу входящих документов внесена ошибочная запись, как правильно ее аннулировать?

Добрый день. По этому поводу рекомендаций в нормативных документах нет. Обычно делается запись в свободной форме, о неправильной регистрации.