Здравствуйте! Если это одно письмо, адресованное в несколько организаций (все адресаты указаны в письме или составлен список рассылки), то регистрируется под одним номером. Если же письма одинакового содержания оформлены как отдельные (на каждом письме указан свой адресат), то каждое письмо регистрируется отдельно.