Добрый день. Если номенклатура дел утверждена приказом и оформлена как приложение к приказу (УТВЕРЖДЕНО приказом от… №…), то она должна подшиваться вместе с приказами по основной деятельности. Если же гриф утверждения оформлен как «УТВЕРЖДАЮ» подпись, дата, то подшивается в отдельное дело. Второй вариант предпочтительнее, так как не загромождается дело с приказами, облегчается поиск документов, и номенклатурой пользоваться удобнее.