В наше ОСП входят отделы и цеха. Могу ли я в НД присвоить им свои индексы 1,2,3… просто так, или для этого нужно издать приказ по подразделению о присвоении номеров отделам и цехам?

Здравствуйте! Приказ о присвоении индексов отделам издавать не надо. Утверждение номенклатуры дел и будет подтверждением индексов подразделений.