Скажите с чего начать, я веду папки входящие и исходящие, с чего начать для правильного ведения документов. Или можно так продолжать? Правда трудно контролировать сроки ответов.

Трудно что-то посоветовать, не видя, как ведутся регистрационные журналы. Регистрацию можно вести в электронном виде, на карточках. На документы со сроками исполнения можно завести контрольную картотеку.