При сдаче дел в архив нашла несоответствие количества страниц в деле и в описи. Как быть? Составлять записку о том, что было внесено неправильное количество? И еще одно дело вообще отсутствует в организации, то есть я его и восстановить не могу даже.

Количество листов на обложках дел и в описи можно просто исправить (корректором).Если какое-то дело внесено в опись, но оно отсутствует, надо провести процедуру розыска дела, при отсутствии направить в государственный архив акт об утрате дела. Куратор архива должен проконсультировать вас по этому вопросу.