При наличии утвержденного Перечня документов, образующихся в конкретном Министерстве и его учреждениях, раздел 4 номенклатуры в части статей заполняется с учетом этого Перечня или Типового?

Если есть ведомственный Перечень, то преимущество отдается ему. Если каких-то документов в Министерском перечне нет, то можно ссылаться на типовой перечень. Нормально, когда в 4-й графе номенклатуры дел ссылки идут на 2-3 перечня.