Подскажите пожалуйста, в журналах регистрации исх и вход документации секретарь с нового года не начал новую нумерацию, а продолжил с прошлого, как это можно грамотно исправить?

Грамотно уже не получится. Надо начать нумерацию с первого номера с начала следующего месяца.