Подскажите, пожалуйста, в деле «Переписка по основным направлениям деятельности» под документом-запросом подразумевается исходящий документ только нашей организации или это может быть запрос и от внешней организации?

Здравствуйте! Документ-запрос может быть как исходящим, так и входящим (от внешней организации), смотря кто является инициатором запроса.