Подскажите, пожалуйста, как вписать пропущенное дело в уже согласованную опись, все напечатано достаточно плотно и не знаю, куда вместить запись литерного дела, может, есть какие-то варианты из вашей практики.

Такое встречается часто. Если не получается вписать черной пастой заголовок дела под литерным номером, то можно перепечатать соответствующий лист. Иногда приходится перепечатывать всю опись, тогда приходится восстанавливать подписи и штампы согласования.