Подскажите, пожалуйста, если дело состоит из нескольких частей (томов), можно ли уничтожать дело по частям или нужно уничтожать дело только целиком со всеми частями (томами)? Спасибо.

Дело с истекшим сроком хранения включается в акт целиком, с указанием количества томов дела. Если какие-то документы необходимы вам для работы, можно уничтожить дело позже, на следующий год. https://archivexpert.ru/servise/unichtozhenie_dokumentov/