Подскажите, нужно ли присваивать входящий регистрационный номер обращениям граждан, сформированным через электронную приемную?

Регистрировать необходимо все документы кроме тех, которые входят в список нерегистрируемых документов (если такой список утвержден в вашей организации). Обращения граждан регистрируются в обязательном порядке, независимо от того, по каким каналам связи они поступили (см ФЗ от 02.05.2006 № 59-ФЗ).