Подскажите, может ли канцелярия отказать курьеру в приеме документов, привезенных нарочно (не запечатанные в конверт с сопроводительным письмом) и на каком основании.

В нормативных документах об этом ничего не «прописано». Однако если у курьера не принимают документы, потребуйте хотя бы отметку работника канцелярии, в связи с чем документы не приняты (нет подписи, просрочен ответ, не приёмное время и т.п.). Гарантированно дойдет до адресата документ, направленный заказным письмом с уведомлением.