Можно ли внедрять СЭД частями, например, в бухгалтерии, потом в ОК? Это имеет смысл?

Лучше всего внедрять систему сразу во всех отделах. Частями внедрять можно, но лучше это делать поэтапно, постепенно наращивая функции.