Если из приказов с буквенным индексом «к» со сроком хранения 5 лет были изъяты приказы о предоставлении отпусков без содержания, о поощрениях, о различных выплатах, которые имеют срок хранения 75 лет, то что делать с изъятыми приказами? Сформировать отдельное дело из них, тогда как составить заголовок дела? Или приобщить их в дело, где сгруппированы приказы по личному составу, но тогда в одном деле будут приказы с разными буквенными индексами, так можно?

Да можно. При формировании дел с приказами по личному составу не смотрят на буквенное обозначение. В вашем случае так же будет нарушена валовая нумерация, и поэтому формировать их нужно будет по хронологии.