Здравствуйте! Практика «привязывания» к регистрационным номерам документов ФИО должностных лиц не оправдывает себя, и вы в этом уже убедились. Лучше применять цифровые обозначения. В настоящее время вам остается только присваивать регистрационным номерам служебных записок вновь назначенного и.о. заместителя директора его инициалы, а с нового года лучше перейти на цифровую регистрацию.