Добрый день. У нас в компании не все структурные подразделения сдают документы постоянного срока хранения, формировать опись №1 из того что сдают?

Если документы постоянного хранения значатся в номенклатуре дел, они должны быть сданы в архив и включены в опись дел постоянного хранения. Попробуйте убедить руководителей структурных о необходимости передачи дел, можно прибегнуть к помощи руководителя организации, издать приказ и т.д.