Здравствуйте! Чтобы не было путаницы, лучше формировать трудовые договоры в составе личных дел. Тогда всё встанет на свои места: договоры на работающих сотрудников и дополнительные соглашения к ним будут находиться в личном деле, в кадровой службе. После увольнения работника личное дело вместе с трудовыми договорами передается в архив для включения в опись дел по личному составу (или в опись личных дел). В вашем случае надо ежегодно передавать дело с трудовыми договорами и доп. соглашениями в архив, независимо от того, уволенные это сотрудники или работающие. Архив должен включать дело с трудовыми договорами в опись дел по личному составу. В этом случае затрудняется поиск необходимого договора или доп. соглашения.