Здравствуйте! Согласно п. 4.18 «Правил организации хранения, комплектования, учета и использования документов Архивного фонда РФ и других архивных документов в органах государственной власти, органах местного самоуправления и организациях», утвержденных приказом Минкультуры РФ от 31.03.2015 N 526, при изменении структуры организации номенклатура дел пересоставляется и утверждается заново. Соответственно, изменятся и индексы дел.