Здравствуйте! Руководитель несет полную ответственность за закрытый ключ ЭЦП. Он может возложить обязанность за хранение закрытого ключа ЭЦП на секретаря, начальника общего отдела и др., в зависимости от распределения обязанностей в организации, от того, кто работает с электронной почтой руководителя. В некоторых организациях создаются копии ключей ЭЦП. Для наведения порядка в этом вопросе лучше разработать Положение об учете, хранении и использовании ЭЦП на основе Федерального закона от 06.04.2011 №63-ФЗ.