Добрый день. Обязательно ли при уничтожении бумажных оригиналов документов в коммерческой организации, уничтожать их копии в электронной системе?

Здравствуйте. Судя по тому что Вы уничтожаете бумажные оригиналы, то эти документы не нужны, и срок их хранения истек. Соответственно можно и электронные копии уничтожить, если не нужны. Здесь выбор остается за вами.