Добрый день! На обложке дела укажите оба наименования организации: старое и новое. Например:
«Наименование до переименования / Наименование после переименования» .
Также добавьте год переименования в заголовок или примечания для ясности.
Если нужна помощь, обращайтесь в «Архивный Эксперт»!